Фамилия Юшуваев — редкий случай, когда основа просматривается почти сразу, но её происхождение ведёт не в славянский мир, а в тюркский. В основе лежит личное имя Юшувай. Это имя, скорее всего, представляет собой вариант имени Юсуп (русская форма — Иосиф) в одной из тюркских диалектных форм. Переход «с» в «ш» и добавление аффикса -вай характерно для языков ногайской группы и некоторых говоров татарского и башкирского языков, где -вай, -бай, -бий часто служили показателями уважительного обращения или именным формантом.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Юшуваев, то есть сын или потомок Юшувая. Таким образом, фамилия — типичный пример того, как тюркское имя попало в русский ономастикон через механизм патронимического суффикса. Фамилия не массовая, её география, скорее всего, привязана к регионам смешанного русско-тюркского населения: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан или Астраханская область.

Встречается и вариант написания Юшуваев с двумя «у» — Юшуваев, что не меняет сути, но может указывать на особенности фиксации фамилии в документах XIX — начала XX века. В дореволюционных переписях и метрических книгах тюркские имена часто записывали на слух, отсюда возможны колебания в написании. Никакой другой, более древней или славянской версии происхождения у этой фамилии нет — все нити ведут к тюркскому имени Юсуп (Иосиф) в его местной огласовке.