Фамилия Ютунова — женская форма, а её мужской вариант — Ютунов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Этот суффикс указывает на принадлежность: Ютунов буквально значит «сын Ютуна» или «человек из рода Ютуна». Раз фамилия закрепилась с суффиксом -ов, а не -ин, значит, исходная основа скорее всего оканчивалась на твёрдый согласный.

Корень фамилии — «ютун» — не встречается в списке канонических крестильных имён, поэтому перед нами, скорее всего, прозвище. Его происхождение неочевидно. Можно предположить связь с диалектным словом «ют» или «юта», которое в некоторых русских говорах означало «приют», «защита», «уютное место». Тогда Ютуном могли прозвать домоседа, хозяина, который любил обустраивать жильё, или, напротив, странника, искавшего пристанища. Однако эта версия шаткая: слово «ютун» в значении «обитатель уюта» нигде не зафиксировано.

Более правдоподобно выглядит связь с тюркскими языками, что типично для фамилий Поволжья и юга России. В татарском и башкирском языках есть корень «ют» со значением «терять», «исчезать». «Ютун» могло быть личным именем-оберегом: так называли ребёнка, чтобы обмануть злых духов, — мол, он «потерянный», незначительный, не стоит их внимания. Подобная практика широко известна у многих народов. Фамилия Ютунов могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, а потом обрусела.

География фамилии сегодня довольно узкая. Основные носители живут в Удмуртии, Татарстане и соседних областях — Кировской, Пермском крае. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих регионах смешение русского и тюркского населения давало такие необычные фамилии. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного конкретного человека в небольшой деревне.

Таким образом, Ютунов — это фамилия, скорее всего, тюркского корня, переоформленная русским суффиксом. Предок носителя мог быть татарином или башкиром по имени Ютун (обережное имя со значением «потерянный»), который принял православие, и его потомки стали Ютуновыми.