Фамилия Зачинский — одна из тех, где вопрос не в том, от какого слова образована основа, а в том, какой именно смысл вкладывался в это слово. Суффикс -ский указывает на польское или западнорусское происхождение, а также на дворянский или шляхетский характер фамилии. В XVI–XVII веках такие фамилии активно формировались у православной и католической знати Речи Посполитой, а затем перешли и в русскую среду.

Самый прямой вариант — прозвище или топоним от слова «зачин». Зачином в старину называли начало, почин, инициативу. Человек, который «зачинал» дело, начинал первым, мог получить прозвище Зачин. Отсюда и фамилия Зачинский — как «тот, кто из рода Зачина» или «выходец из места, называемого Зачинье». Такие деревни и урочища с корнем «зачин» встречаются на территории современной Беларуси и западных областей России, например, в бывших Минской и Витебской губерниях.

Есть и менее очевидная версия — от слова «зачин» в значении «зачинщик» или «заводила». В крестьянской среде так могли назвать бунтаря или человека, который первым поднимал голос на сходе. Но для фамилии с окончанием -ский это менее типично: такие модели чаще закреплялись за землевладельцами, а не за крестьянами. Поэтому вероятнее, что Зачинские — потомки шляхтича или служилого человека, владевшего землёй с названием Зачин.

Иногда фамилию ошибочно связывают с глаголом «зачинать» в значении «зачинать ребёнка». Это народная этимология, не подтверждённая ономастикой. В документальных источниках фамилия встречается с XVIII века, в основном среди однодворцев и мелкопоместных дворян южных губерний России, что говорит о миграции с запада на восток.