Основой фамилии Зачнойко послужило мирское имя Зачной. Мирское имя Зачной, предположительно, берет начало от нарицательного «зачин». Оно имеет значение «начало». Вероятно, именование Зачной указывает на порядок рождения ребенка в семье. Так могли назвать первого сына. Возможно также, что фамилия Зачнойко происходит от прозвища Зачной, имеющего ту же этимологию, что и имя. Скорее всего, именование Зачной отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать того, кто обладал лидерскими качествами, первым воспринимал все новое. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зачной, со временем получил фамилию Зачнойко.