Фамилия Зачнойко образована от прозвища или мирского имени Зачной. В её основе лежит слово «зачин», то есть начало. Вероятнее всего, прозвище Зачной давали первенцу — первому сыну в семье, указывая на порядок его рождения. Но возможен и другой смысл: так могли назвать человека с задатками лидера, того, кто первым брался за новые дела или зачинал важные начинания. Слово «зачин» в древнерусском языке имело активный оттенок — не просто «начало», а «почин, инициатива». Поэтому прозвище могло отражать характер: инициативный, смелый, застрельщик.

Фамилия оформлена суффиксом -ко, типичным для украинской и белорусской антропонимии. Он указывает на принадлежность или родство: Зачнойко — потомок Зачного. Такая модель распространена на Левобережной Украине, в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также на юге Беларуси. Если бы фамилия возникла в великорусских землях, она скорее приняла бы форму Зачнов или Зачнин. Таким образом, суффикс даёт географическую привязку: корни рода Зачнойко, скорее всего, лежат в украинском или белорусском пограничье.

Встречается также вариант написания с ударением на второй слог — Зачнойко́. В таком произношении отчётливее слышна связь с «зачин» и «зачинать». Фамилия редкая: в современных базах данных она фиксируется единично, преимущественно в центральных и восточных областях Украины.