Фамилия Заентин — редкий случай, когда основа читается не сразу, а приглядевшись, видишь за ней географию и старую диалектную черту.

Самое вероятное объяснение: фамилия образована от названия населённого пункта. В основе лежит топоним Заентье или Заентьево. Такие названия встречаются в северо-западных областях России — в Псковской, Новгородской, Тверской. Слово «енть» в местных говорах означало «иначе, по-другому» или «ещё». «Заентье» — место, лежащее за какой-то границей, за «ентью». От названия села или деревни образовали фамилию через суффикс -ин, который в этом случае работает по модели «чей?»: человек из Заентья — Заентин. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от названий, оканчивающихся на -а/-я.

Менее убедительная версия выводит фамилию от прозвища Заента — так могли назвать человека, который всё делал «за енту», то есть за другого, за чужого. Но эта гипотеза слабее: слово «енть» в значении «иной» было диалектным и узко местным, а прозвище от него — маловероятно.

Словообразовательная модель проста: корень Заент- (от «за енть» — за иным) плюс фамильный суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Зае́нтин. Встречается и вариант с ударением на последний слог — Заенти́н, но он реже.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых боярских. Её носители — потомки крестьян или мещан из северо-западных губерний. В современных справочниках Заентин не фигурирует среди распространённых, но в Псковской области и соседних регионах её можно встретить до сих пор. Однокоренных фамилий мало: Заенцев, Заенчковский — и те редки.