Фамилия Зафесовы — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с именем или прозвищем, которое когда-то носил родоначальник. В основе фамилии лежит личное имя Зафес или, что более вероятно, прозвище Зафес. В русской ономастике существует несколько версий его этимологии, и ни одна из них не является однозначно доказанной, но все они сводятся к одному из двух корней: либо тюркскому, либо греческому.

Первая и самая распространённая версия — тюркская. Имя Зафес могло быть производным от арабского слова «зафир» (ظافر), что означает «победоносный», «одерживающий верх». В тюркских языках, особенно у народов Кавказа и Поволжья, это имя трансформировалось в формы вроде Зафер, Зафар, а затем и в Зафес. В таком случае предок Зафесовых мог быть человеком, которого назвали в честь победы или как пожелание удачи в делах. Вторая версия — греческая. Слово «зафес» может быть искажённым вариантом греческого «зафис» или «зафес», что означает «тёмный», «мрачный». Это могло быть прозвище, данное человеку с тёмными волосами, смуглой кожей или, что реже, с угрюмым характером. Греческое влияние особенно вероятно для южных регионов России, Причерноморья или казачьих областей, где были сильны контакты с греческими колониями и православной культурой.

Окончание «-ов» указывает на классическую русскую патронимическую модель. Суффикс «-ов» (как и «-ев») присоединялся к основам, оканчивающимся на согласный, и означал принадлежность: Зафесов — сын Зафеса. Таким образом, фамилия сформировалась не позднее XVII–XVIII веков, когда в центральной России и на окраинах шёл активный процесс закрепления фамилий за крестьянскими и казачьими родами. Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, живших компактно. Географически Зафесовых чаще всего можно встретить в Ростовской области, Краснодарском крае и на Северном Кавказе — то есть в зоне активного смешения славянских, тюркских и кавказских народов.

Социальный статус предков Зафесовых мог быть разным: от крестьян и казаков до мещан или духовенства. Отсутствие дворянского суффикса «-ский» или «-цкий» говорит, что род не относился к титулованному дворянству, но это не исключает его древности. Если верна тюркская версия, предки могли быть выходцами из татарской или ногайской среды, принявшими православие. Если греческая — то потомками греческих переселенцев или понтийских греков, ассимилированных в русской среде. Спор между версиями остаётся открытым, но тюркская гипотеза выглядит более убедительной из-за широкого распространения имён с корнем «зафар» у народов, контактировавших с русскими в XVI–XIX веках.