Фамилия Зафейнер — редкий случай в русском ономастиконе. В ней нет славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её происхождение иное. Скорее всего, это фамилия еврейского или немецкого корня, попавшая в русскую среду через миграции или западные губернии Российской империи.

Основа фамилии — «Зафейн» — восходит к немецкому или идишскому слову «fein» (тонкий, изящный, качественный) с приставкой «sa-», которая в диалектах могла означать «очень» или быть частью топонима. В еврейской традиции фамилии часто образовывали от прозвищ, связанных с характером или внешностью: «Зафейнер» могло означать «очень тонкий» или «изящный» человек. Возможна и топонимическая версия: от названия местности Зафейн (например, в Австрии или Германии), откуда предок мог быть родом.

Суффикс «-ер» типичен для немецких и ашкеназских фамилий, обозначающих профессию или происхождение (ср. «Мюллер», «Шнайдер»). В данном случае он указывает на лицо, связанное с исходным словом: «тот, кто из Зафейна» или «обладатель качества зафейн». В русском языке фамилия закрепилась в неизменной форме, что характерно для иноязычных заимствований.

Встречается фамилия преимущественно в записях XIX–XX веков на территориях бывшей черты оседлости (Украина, Беларусь, южные регионы России), а также среди потомков эмигрантов. Социальный состав носителей — в основном ремесленники, торговцы, позже — интеллигенция. Среди известных носителей можно назвать разве что отдельных деятелей культуры, но широкой известности фамилия не получила.

Если сравнивать с однокоренными, например, с фамилией Фейнберг (Feinberg — «тонкая гора») или Фейнман («тонкий человек»), то Зафейнер выделяется приставкой, которая могла усиливать значение или указывать на конкретное место. Это делает её более редкой и локально привязанной.