Фамилия Заитханов — яркий пример того, как тюркские и арабские элементы сплавились в русской фамильной модели. Её основа — составное имя Заитхан, где первая часть «Заит» восходит к арабскому «заид» (زائد) — «изобильный», «приумножающий», «растущий». Вторая часть — всем известный тюркский титул «хан», означающий правителя, повелителя. Таким образом, имя Заитхан можно перевести как «изобильный правитель» или «приумножающий хан» — имя с пожеланием богатства и власти.

С точки зрения словообразования фамилия следует стандартной русской модели: к основе Заитхан добавили суффикс принадлежности -ов, превратив имя отца в фамилию сына. Буква «а» между корнем и суффиксом — соединительная гласная, характерная для тюркских заимствований в русском языке. Если бы фамилия оформлялась по тюркским правилам, она звучала бы как Заитхан-оглы или Заитхан-заде («сын Заитхана»), но русская система унифицировала её под -ов.

Регионально фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью, особенно к чеченской и ингушской среде. У вайнахских народов имя Заит (часто в форме Зайт, Заид) встречается нередко, а добавление «хан» — распространённый способ усилить имя, придать ему вес. Встречаются и однокоренные фамилии — Заитов, Зайтов, Заитхаджиев, — что указывает на общий корень в мусульманском именослове.

Сложно сказать, к какому сословию принадлежали первые носители. Имя Заитхан мог получить как сын уважаемого старейшины, так и обычный крестьянин, мечтавший о лучшей доле для ребёнка. В дореволюционных записях фамилия почти не фиксируется — это говорит о её сравнительно позднем оформлении: многие горские фамилии окончательно закрепились лишь в XIX–XX веках, когда начался массовый учёт населения.