Фамилия Закафенин — редкий случай, когда основа прозвища почти наверняка связана с конкретным местом или географическим объектом. Строится она по стандартной модели: корень, суффикс -ин и окончание. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Закафенин — это «сын Закафена» или «человек из рода Закафена». Само же прозвище Закафен, скорее всего, образовано от нарицательного «закафен» — так в некоторых русских говорах могли называть человека, живущего «за кафой». Что такое «кафа»? В диалектах это слово означало канаву, ров, овраг или даже береговую кручу. Следовательно, Закафен — это тот, кто поселился за оврагом, за рвом, на отшибе.

Менее вероятна, но не исключена версия, связывающая основу с тюркским или греческим корнем. В тюркских языках «кафе» может означать «селение» или «укрепление», а в греческом «кафа» — «чистый». Однако для русской фамильной модели с суффиксами -ин и -ен- (Закаф-ен-ин) диалектное географическое объяснение выглядит органичнее: прозвища по месту жительства давали часто и охотно.

Фамилия Закафенин — штучная, нечастотная. Встречается она преимущественно в южнорусских областях, где диалектное слово «кафа» было в ходу, а также в старообрядческой среде, где фамилии нередко закреплялись по прозвищам, а не по отчествам. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим — в дворянские роды такие «географические» фамилии попадали редко.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Закафяев, но она встречается еще реже и может иметь иную природу (от имени Кафай). Закафенин держится особняком: в ней нет ни уменьшительного суффикса, ни указания на ремесло — только чистая привязка к месту. Для человека, носящего эту фамилию, это значит, что его предок, скорее всего, был не ремесленником и не служилым, а просто жил на краю, за заметной границей — за канавой, за оврагом.