Фамилия Закоморный — редкий случай, когда за основой, скорее всего, стоит не ремесло или имя, а архитектурный термин. По самой правдоподобной версии, прозвище Закоморный восходит к слову «закомара» — так в средневековой русской архитектуре называли полукруглое завершение верхней части стены церковного здания. Человек, получивший такое прозвище, мог быть зодчим, мастером-каменщиком или строителем храмов, который специализировался именно на кладке сводов и арок. Фамилия образована по типичной суффиксальной модели: основа «закомор» плюс суффикс -н- (указывающий на отношение к предмету), а затем адъективное окончание -ый. То есть Закоморный буквально означает «связанный с закомарами», «тот, кто делает закомары».

Существует и альтернативная, но менее убедительная гипотеза. В северных говорах встречалось слово «закомура» — «чудак, странный, загадочный человек». Если принять эту версию, прозвище могло указывать на замкнутый или необычный характер. Однако слово «закомура» — редкое, диалектное, а «закомара» — термин, хорошо известный по всей территории Руси благодаря церковному строительству. Поэтому архитектурная версия выглядит предпочтительнее.

Фамилия Закоморный — искусственная по происхождению, то есть не перешла из крестильного имени, а была дана как прозвище по профессиональному или личному признаку. Она могла бытовать в среде потомственных каменщиков и зодчих, особенно в регионах, где сохранилось много древних храмов с характерными закомарами — например, во Владимирской, Новгородской или Псковской землях. В современных справочниках фамилия встречается крайне редко, что подтверждает её узкопрофессиональное и территориально ограниченное происхождение.