Фамилия Закомырдина — женская форма фамилии Закомырдин, и её происхождение стоит искать в прозвище. Основа «закомыр-» напрямую связана с русским диалектным словом «закомыра» (или «закомура»), которое означало скрытного, нелюдимого человека, а также того, кто действует исподтишка, с заковыкой. В словаре Владимира Даля «закомура» — это «завируха, заковыка, закавыка, закавычка», то есть нечто запутанное, хитрое, непрямое. Человек, получивший такое прозвище, вероятно, отличался необщительностью, себе на уме, или же славился каверзными, неожиданными поступками.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Закомырдин — сын или потомок Закомыры. Суффикс -ин, а не -ов, здесь не случаен: он чаще присоединяется к основам, оканчивающимся на -а, -я (Закомыра → Закомырдин). Это одна из древнейших моделей, распространённая в северных и центральных русских землях.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. Встречаются варианты с ударением на второй слог (Закомы́рдина) и на третий (Закомырди́на). Второй вариант ближе к исходному прозвищу, где ударным был корень «-комыр-» (от «ком» — комок, нечто сбитое, плотное). Первый же вариант, с ударением на «ыр», более редкий и мог возникнуть под влиянием говоров, где «закому́ра» произносили с ударением на последний слог.

Фамилия редкая, нечастотная. Её географическое бытование, по данным открытых телефонных справочников и архивных записей, тяготеет к Уралу и Западной Сибири (Курганская, Свердловская, Тюменская области). Это косвенно подтверждает диалектную природу прозвища: слово «закомыра» хорошо известно в севернорусских и сибирских говорах, куда его принесли переселенцы из Поморья и Вятки.

Прямых аналогов с другим суффиксом (например, Закомыров) не зафиксировано, что говорит о первичности именно прозвища на -а, а не на -о. Однокоренных фамилий мало: есть Закомолдин (от «закомолдить» — заупрямиться), но это другая основа. Спорных версий у фамилии почти нет — корень прозрачен, и попытки связать её с «комаром» (дескать, «за комара») лингвистически несостоятельны: в таком случае мы бы имели форму Закомаров или Закомарин.