Фамилия Закубанец — одна из тех, что прямо указывает на географическое происхождение носителя. Её основа — «Закубанье», то есть земли за рекой Кубанью. В русской ономастике такие фамилии называются «топонимическими»: их давали людям, переселившимся с определённой территории. Человека, пришедшего из-за Кубани, соседи могли прозвать Закубанцем, и это прозвище со временем закрепилось за его детьми как фамилия.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «кубан-», приставка «за-» (указывающая на положение за географическим объектом) и суффикс «-ец». Этот суффикс в русских фамилиях типичен для обозначения жителя или выходца из какой-либо местности: вспомните Донца (с Дона), Полтавца (из Полтавы) или Казанца. Суффикс «-ец» в данном случае не уменьшительный, а именно «этнонимический» или «катойконимический» — он превращает название места в название человека оттуда.

В отличие от более распространённых фамилий на «-ов» или «-ин», форма Закубанец сохранила исходное прозвище почти без изменений. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться относительно поздно, в XVIII–XIX веках, когда на южных границах Российской империи активно осваивались кубанские земли. Переселенцы — казаки, крестьяне, отставные солдаты — получали такие прозвища от старожилов. Вероятнее всего, первые носители фамилии жили в станицах или хуторах по левому берегу Кубани, либо, наоборот, перебрались оттуда на север.

Стоит учесть, что Закубанье — историческая область, которая долго была зоной активных контактов между русскими, украинцами, черкесами и ногайцами. Поэтому фамилия могла возникнуть не только в великорусской, но и в украинской среде (суффикс «-ец» одинаково продуктивен в обеих традициях). Спорных версий здесь немного: корень слишком ясный, чтобы искать в нём тюркские или иные заимствования. Правдоподобнее всего — именно прозвище переселенца, а не, скажем, прозвище воина, ходившего в поход за Кубань (хотя и такой вариант не исключён, но он менее типичен для массовой фамилии).

В современных справочниках фамилия нечастотна и встречается в основном на юге России и в Краснодарском крае, что подтверждает её привязку к региону. Сословного барьера у неё не было: Закубанцем могли назвать и казака, и крестьянина, и мещанина — важно было лишь место, откуда человек родом.