Фамилия Замушинская образована от названия населённого пункта — Замушье или Замушино — по самой распространённой в славянской ономастике модели с суффиксом -ск-. Такие фамилии, как правило, принадлежали дворянам, духовенству или выходцам из одного села, которые при переезде получали прозвание по месту прежнего жительства.

Корень «муш» в географическом названии обычно восходит к слову «муха» или «мушиный», но в топонимике он чаще связан с диалектным «муш» — мох, болото, топь. Замушье — это место за болотом или за моховым участком. В псковских и смоленских говорах «муш» означает мох, болотистую почву, поэтому Замушинские могли происходить из региона, где такие названия встречаются до сих пор: в Псковской и Смоленской областях есть деревни Замушки, Замушье. Альтернативная, менее вероятная версия — от прозвища Замуха («тот, кто за мухами», например ловец мух), но суффикс -ск- указывает скорее на территориальную, а не на прозвищную основу.

Форма Замушинская — женский вариант; мужская — Замушинский. Окончание -ая типично для русских фамилий польско-литовского или западнорусского происхождения, где прилагательное согласуется с существительным в женском роде. В Польше и Беларуси фамилии на -ский/ -цкий носили шляхта и мещане, но в России такая фамилия могла появиться у крестьян, переселившихся из западных губерний, или у священников, получавших фамилии по названию прихода.

Однокоренные фамилии — Замушин, Замушков, Замушко — встречаются реже. Если предок носил фамилию Замушинская, это почти наверняка означает, что его семья была из деревни с названием Замушье, а сама фамилия закрепилась за родом, когда люди начали массово получать фамилии в XIX веке. Точных данных о знаменитых носителях в открытых источниках нет, что не редкость для фамилии с узкой географической привязкой.