Фамилия Зандукели — один из ярких примеров грузинского фамильного наследия, которое почти безошибочно опознаётся по конечному элементу «-ели». В грузинской ономастике суффикс «-ели» выполняет ту же роль, что и русские «-ов» или «-ин»: он указывает на принадлежность к роду или местности. Дословно «Зандукели» можно перевести как «принадлежащий Зандуку» или «из дома Зандука». Основа фамилии — мужское имя Зандук, которое в Грузии встречается нечасто, но имеет древние корни.

Происхождение имени Зандук неоднозначно. Наиболее вероятная версия связывает его с персидским «зандан» (темница, тюрьма) или с тюркским «зандык» (злой, свирепый). В грузинской среде такие имена могли давать как обереги — чтобы отвратить злые силы, или, наоборот, как прозвище человеку с суровым нравом. Вторая гипотеза выводит имя от греческого «Занда» (вариант имени Александр), но для Грузии это менее типично, так как форма «Зандук» не встречается в греческих календарях.

Географически фамилия Зандукели тяготеет к восточной Грузии — региону Кахетии и прилегающим районам. В XIX веке носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мелких дворян (азнаури). Характерный суффикс «-ели» в грузинских фамилиях часто указывает на происхождение из конкретного села или усадьбы, поэтому не исключено, что предки Зандукели получили фамилию по названию хутора или местности Зандукаани, которое со временем исчезло из топонимики.

В русском языке фамилия не склоняется: Зандукели, Зандукели, Зандукели. В грузинском оригинале ударение падает на второй слог — Занду́кели. Встречаются варианты написания с одной «н» (Задукели) или с заменой «е» на «э» (Зандукели), но основной вариант закрепился через русскую транскрипцию XIX века. Сведений о массовом расселении фамилии за пределами Грузии нет — это редкая фамилия, которая сохранилась преимущественно в исторических границах Кахетинского княжества.