Фамилия Занзибарин — редкий случай, когда географическое название попало в русский именослов почти без изменений, но с русским суффиксом. Основа здесь прозрачна: остров Занзибар у восточного побережья Африки. Однако прямой связи с африканским регионом у носителей фамилии, скорее всего, нет. В русской традиции такие «экзотические» фамилии возникали не от места жительства предка, а от прозвища.

Прозвище Занзибар могли дать человеку за смуглую кожу, курчавые волосы или просто за необычную внешность, напоминавшую европейцам того времени жителей далёких земель. В XVIII–XIX веках, когда Россия активно торговала и воевала, экзотические топонимы (Арарат, Бенгалия, Занзибар) иногда становились уличными кличками. Суффикс -ин указывает на модель образования от существительного с окончанием на твёрдый согласный: Занзибар — Занзибарин, то есть «сын Занзибара» или «человек Занзибара». Это стандартная притяжательная форма, как Петров от Пётр, но с основой-топонимом.

Версия о том, что предок действительно жил на Занзибаре, маловероятна: массовых миграций оттуда в Россию не было, а единичные случаи не создали бы фамилию. Более правдоподобно, что прозвище дали в купеческой или морской среде, где знали о дальних странах, или в среде, где ценили яркие, запоминающиеся клички (например, в казачестве или среди крестьян, получивших волю). Фамилия осталась штучной — она не встречается массово ни в одной губернии, что подтверждает её прозвищное, а не географическое происхождение.

Словообразовательный анализ показывает: фамилия молодая, не древняя. Суффикс -ин в сочетании с неславянской основой — признак того, что прозвище закрепили в документах не раньше конца XVIII века, когда фамилии активно давали даже тем, у кого их не было. В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на владение землёй, Занзибарин — фамилия-метка, характеризующая человека по внешнему признаку или шутливому сравнению.