Фамилия Запатоцкая — яркий пример того, как географическое название или прозвище превращается в фамилию, сохраняя при этом свою редкую суффиксальную конструкцию. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев или -ин, эта форма с окончанием -ая и суффиксом -цк- сразу указывает на польские или западнорусские корни, а также на дворянское или шляхетское происхождение носителя в прошлом.

Основа фамилии — «Запатота». Это слово, скорее всего, является топонимом: названием населённого пункта. В Польше и на западе современной Украины и Беларуси есть несколько мест с похожими названиями, например, село Запатота (Zapotota) в Лодзинском воеводстве. Фамилия образована по польской модели от названия места: пан из Запатоты становился Запатоцким, а его жена или дочь — Запатоцкой. Суффикс -цк- (в польском -cki) как раз и обозначал принадлежность к местности, владение ею или происхождение оттуда.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «запатоту» с диалектным глаголом «патотать» — стучать, топать, шуметь. В таком случае прозвище Запатота могли дать человеку за шумную походку или громкий голос, а фамилия по отцу закрепилась бы за потомками. Однако для женской формы Запатоцкая более характерно именно топонимическое происхождение: в русской традиции такие фамилии часто носили дочери или жёны помещиков, владевших имением Запатоты.

Примечательно, что фамилия Запатоцкая практически не встречается в центральной России. Её ареал — западные области (Смоленщина, Брянщина) и, конечно, Польша и Беларусь. В польском языке мужской вариант пишется как Zapotocki, а женский — Zapotocka. Русское написание с буквой «ц» вместо «т» — результат адаптации: в польском звук [t] перед [s] в суффиксе даёт [c], что и отразилось в кириллице.

Поскольку фамилия шляхетская по модели, её носители в XVIII–XIX веках могли принадлежать к мелкопоместному дворянству или однодворцам — потомкам служилых людей, поселившихся на южных рубежах государства. Сегодня Запатоцкая — редкая фамилия, и её обладательницы с высокой вероятностью имеют предков из западных губерний Российской империи.