Фамилия Запотоцкая образована по типичной для славянского мира модели — от географического названия или прозвища, связанного с местом жительства. В её основе лежит польское или украинское слово «потік» (поток, ручей), а приставка «за-» указывает на положение «за потоком» или «за ручьём». Таким образом, Запотоцкий — это тот, кто живёт за речкой, за ручьём, а Запотоцкая — женская форма фамилии.

Именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), но в данном случае мы имеем дело с типичной «топографической» фамилией, указывающей на особенность ландшафта, где жил первопредок. Суффикс «-цк-» (в варианте «-цк-ая») характерен для польской и украинской традиции: он превращал название местности (села, урочища) в родовое имя. Сравните с фамилиями Запольский, Заозёрский, Загорский — все они построены по одной схеме: приставка «за-», корень, обозначающий объект, и суффикс принадлежности.

В Польше и на Западной Украине существует несколько населённых пунктов с названием Запото́к или Запото́ки. Житель такого села получал прозвище Запотоцкий, а его потомки закрепили его как фамилию. Встречается и вариант Запотоцкий с ударением на второй слог, что сближает фамилию с чешскими и словацкими аналогами (например, Запотоцкий — известная чешская фамилия, которую носил президент Антонин Запотоцкий). В русском языке фамилия сохранила польское окончание «-цкая», что указывает на её западное происхождение: в России такие фамилии чаще получали окончание «-цкий» или «-цкая» именно из польской шляхетской традиции.

Таким образом, фамилия Запотоцкая не несёт в себе указания на род занятий или личное качество предка — она чисто географическая. Её носительница может с высокой вероятностью предположить, что её предки жили в западных регионах бывшей Речи Посполитой (современные Польша, Беларусь, Западная Украина) и их фамилия возникла как ответ на вопрос «откуда ты?»: «из-за потока».