Фамилия Запоточна — редкий случай, когда географическая основа, судя по всему, перешла в фамилию почти без изменений, сохранив женскую грамматическую форму. В русской ономастике фамилии на -а, особенно если они не склоняются по мужскому роду (как Запоточна), часто указывают на украинское или польское происхождение, где такая модель обычна. В данном случае перед нами, скорее всего, украинская фамилия, образованная от названия населённого пункта или урочища — Запоточне, Запоточна, Запоток. Корень «поток» (укр. потік — ручей, речка) в сочетании с предлогом «за» даёт значение «за потоком», то есть «живущий за ручьём» или «родом из села, расположенного за речкой».

В украинской топонимике много сёл с названием Запоточне, особенно в западных областях — на Ивано-Франковщине, Тернопольщине, Львовщине. Переселенцы из таких мест получали прозвище по месту выхода: Запоточний (для мужчины) и Запоточна (для женщины). Когда фамилии закреплялись в документах, женская форма могла остаться неизменной для всей семьи, если глава семьи был женщиной (вдова) или если фамилию записывали со слов матери. Однако чаще всего Запоточна — это современная форма, возникшая при паспортизации, когда носительница фамилии передала её детям в женском роде, либо это фамилия, которая изначально существовала в такой форме в украинской традиции (как, например, Довженко или Скоропадская).

Словообразовательный суффикс -н- в основе указывает на прилагательное: «запоточний» — «запрудовый», «заручейный». Сравните с однокоренными фамилиями: Потокин, Поточный, Запоток. Отличие Запоточна в том, что она не прошла типичную русификацию через суффиксы -ов/-ев, а осталась в виде чистого топонимического прилагательного. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где украинский язык долго сохранял свои позиции, — например, в казацкой старшине или среди крестьян Западной Украины, не испытавших массовой переписи в XIX веке по русским образцам.

Версия о прозвище от слова «поточина» (укр. — протока, ручей) менее вероятна, но не исключена: если предок жил у бурного потока или занимался строительством запруд, его могли прозвать Запоточним. Однако в таком случае фамилия скорее приобрела бы суффикс -енко или -ук, характерный для прозвищных фамилий (Запоточенко, Запоточук). Отсутствие этих суффиксов подтверждает, что основа — именно название места.

Искать носителей фамилии стоит в первую очередь в западных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке, куда в конце XIX — начале XX века уезжали крестьяне из малоземельных регионов. В России фамилия встречается редко, и каждый её случай, скорее всего, связан с конкретной семейной историей миграции из украинского села.