Фамилия Запоточный — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. В отличие от типичных «ремесленных» фамилий, здесь основа не профессия, а место: за пото́ком. В говорах «поток» — не только ручей, но и овраг с водотоком, лощина, а иногда и искусственный канал. Человек, живший за таким оврагом или за ручьём, получал прозвание Запоточный — «тот, кто с той стороны потока». Модель образования прозрачна: приставка за- + корень -поточ- + суффийкс -н- (указание на признак) и типичное окончание фамилий-прилагательных -ый.

Суффикс -н- в основе не редкость для прозвищ по месту жительства (сравните Заречный, Заозёрный, Загорный). Но фамилия Запоточный заметно реже своих «географических» собратьев. Почему? Потому что «поток» как топоним в чистом виде встречается не повсеместно: в центральной России чаще говорили «ручей» или «овраг», а «поток» — слово более южнорусское и западнорусское. Это сужает ареал: логично искать корни фамилии на территории современной Украины, в Беларуси или в южных областях России (Брянская, Курская, Белгородская).

Менее вероятная, но допустимая версия — от слова «пото́чный» в значении «относящийся к потоку» (например, к речному или производственному). Однако в этом случае фамилия скорее была бы искусственной, семинарской, а такие обычно заканчиваются на -ский. Запоточный же — народная, обиходная форма, без книжного налёта. Поэтому версия с прозвищем по месту жительства остаётся основной.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая: в среде духовенства и дворянства такие «топографические» фамилии с суффиксом -н- почти не встречались. Носитель фамилии Запоточный — это, вероятно, человек, чей предок жил на отшибе, за оврагом, и получил прозвище, которое закрепилось в документах уже как фамилия. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, и это нормально: редкие фамилии редко попадают в энциклопедии.