Фамилия Запоточний — редкая и территориально привязанная. Её основа — украинское слово «запоточок» или «запотічок», которое означает небольшой ручей, протоку, водоток за каким-либо препятствием. Корень «потік» (поток) указывает на рельеф местности: предок жил за ручьём, за протокой, на отшибе у воды.

Суффикс -ний (в украинском варианте -ний, в русском часто переходил в -ный) типичен для фамилий, образованных от топографических прозвищ. По модели это прилагательное, отвечающее на вопрос «какой?» — то есть «запоточний» буквально значило «тот, кто за поточком». Аналогичные украинские фамилии — Загребельний (за греблей), Заболотний (за болотом), Зарічний (за рекой). Русский аналог — фамилия Заручейный.

Географически фамилия Запоточний почти наверняка происходит из западных или центральных областей Украины, где водоёмы и ручьи играли важную роль в планировке поселений. В России она почти не встречается — единичные носители есть в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселялись украинцы.

Интересная деталь: в русском языке фамилия часто искажалась при записи — могли написать Запоточный, а в устной речи путать с Запотóчный (от слова «поток»). Но исходное украинское «запотічок» (с ударением на «і») сохраняет связь именно с ручьём, а не с потоком.

Сословно предки Запоточних — скорее всего, крестьяне или казаки. Фамилия не аристократическая, не от имени, а от места жительства — типичная для сельских общин, где человека называли по ориентиру: «Иван, тот, что за ручьём». Вариантов происхождения от профессии или личного имени для этой фамилии нет — корень однозначно топографический.