Фамилия Запоточная звучит так, будто указывает на место, но её корень не топоним, а скорее прозвище или название ремесла. Основа — «запо́ток», слово, которое в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли небольшой ручей, заводь или заливной луг за рекой (то есть «за потоком»). Человек, живший у такого запо́тка, мог получить прозвище Запоточный. Со временем оно закрепилось за его потомками, а для женщин и по женской линии появилась форма Запоточная.

Однако у слова «запоток» было и другое, более узкое значение — в некоторых ремёслах и деревенском быту так называли часть ткацкого станка или бороны. Если предок был ткачом или плотником, его могли прозвать по инструменту или детали, с которой он работал. В этом случае фамилия Запоточный — из числа «профессиональных» прозвищ.

Суффикс -н- и окончание -ая (в женском роде) указывают на типичную для русских фамилий модель притяжательного прилагательного. Такие фамилии часто возникали на севере и в центральной России, где топонимические прозвища были особенно распространены. Мужской вариант — Запоточный — встречается реже, чем женский, что необычно: скорее всего, это семейная форма, закрепившаяся за родом по материнской линии или через вдовью запись.

В написании фамилии возможна вариативность: через «о» (Запоточная) или через «а» (Запаточная). Первый вариант — нормативный и исторически более точный, так как связан с корнем «поток». Второй мог возникнуть из-за акающего произношения в южных говорах. В современных документах чаще встречается форма с «о».

Однокоренные фамилии — Поточный, Запотокин, Потокин — подтверждают, что основа живая и не единичная. Но Запоточная стоит особняком из-за своего «женского» окончания, которое может сбивать с толку: это не фамилия женщины по мужу, а родовое имя, которое носят все члены семьи, включая мужчин, если оно закрепилось в паспорте.