Фамилия Запирдолинко — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. С первого взгляда она кажется украинской (суффикс -енко) и даже напоминает глагольную форму «запирдолить», но это ложный след. На самом деле, если отбросить фамильный суффикс -енко, остаётся основа «Запирдол-», а в ней явно слышится иноязычный корень.

Правдоподобнее всего, что перед нами украинизированная версия немецкой фамилии. В основе может лежать немецкое слово «Spirdel» (веретено) или «Spindel» (шпиндель, ось). В диалектах южной Германии и Австрии встречается фамилия «Spirdel» или «Spirdl». Переселенцы-ремесленники (прядильщики, токари) могли попасть на украинские земли в XVIII–XIX веках. Местное население переделало непривычное «Spirdel» в «Запирдол» (с приставкой «За-», которая могла означать «из-за бугра», «оттуда»), а затем добавили типичный украинский патронимический суффикс -енко. Так «Запирдоленко» означало бы «сын того, кто из рода Шпирделей».

Вторая версия, более спорная, связывает фамилию с тюркским корнем. В крымскотатарском и турецком есть слово «spirdi» (быстрый, проворный) или «sipirdi» (мёл, подметал). Приставка «За-» могла быть русским или украинским добавлением для адаптации. Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилии с тюркской основой и украинским суффиксом -енко встречаются реже.

Географически фамилия Запирдолинко тяготеет к юго-востоку Украины и приграничным областям России. Встречается в единичных записях в Запорожской, Донецкой и Ростовской областях. Это указывает на то, что носители — потомки либо немецких колонистов, осевших в Новороссии, либо выходцев из Крыма.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была мещанской или крестьянской. Ремесленники-прядильщики или мелкие торговцы — типичные носители таких фамилий. Дворянских родов с фамилией Запирдолинко не зафиксировано.

Орфография «Запирдолинко» (с буквой «и» во втором слоге) закрепилась в советских паспортных столах, хотя по правилам украинской транскрипции правильнее было бы «Запирдоленко». Вариант «Запирдолинко» — это уже результат русской адаптации, когда безударное «е» стали писать как «и».