Фамилия Запудский — редкий случай, когда географическая основа, скорее всего, перевесила прозвищную. Вопреки первому впечатлению, корень здесь, вероятнее всего, не связан с глаголом «запудрить» (засыпать пудрой, обмануть). В русской ономастике фамилии на -ский, как правило, указывают на местность, откуда родом человек, или на его принадлежность к владельцу поместья. Поэтому логичнее всего искать топоним Запудье или Запуды.

Такое название могло возникнуть у села или деревни, расположенной «за прудом» или «за прудами». Форма «Запудье» встречается в псковских и новгородских говорах, где «пуд» могло означать не только меру веса, но и пруд, запруду (от глагола «пудить» — гнать, загонять воду). Человек из Запудья — Запудский. Суффикс -ск- в этом случае типичный для «географических» фамилий, особенно распространённых среди польской шляхты, украинской старшины и русского духовенства, но не только: крестьяне, переселявшиеся из одной деревни в другую, тоже могли получить такую фамилию по прежнему месту жительства.

Вторая, менее вероятная версия — отчество от прозвища Запуда. В диалектах «запуда» — это нечто путаное, запутанное, или человек, который «пудит» (говорит вздор). Но эта версия слабее: прозвища на -а редко дают фамилии на -ский, обычно они образуют формы на -ин (Запудин).

Таким образом, предок носителя фамилии Запудский, скорее всего, был выходцем из селения с названием Запудье. Такие деревни могли быть в бассейне рек, где пруды играли важную роль в хозяйстве — для разведения рыбы или работы мельниц. Фамилия осталась в основном в западных регионах бывшей Российской империи, особенно в Беларуси и на Смоленщине, где топонимическая модель «За + существительное» дала много фамилий (Заозерский, Заболоцкий, Запольский).