Фамилия Запухла — редкий случай, когда прозвище перешло в наследственное имя почти без изменений, сохранив глагольную форму. В русской ономастике такие фамилии встречаются нечасто, и их происхождение почти всегда лежит в бытовой, ироничной или описательной среде.

Самая прямая версия: фамилия образована от глагола «запухнуть» — то есть распухнуть, отечь, набухнуть. Прозвище Запухла могли дать человеку с отёчным, одутловатым лицом или с припухлостью из-за болезни, аллергии, ушиба. В крестьянской и ремесленной среде такие меткие прозвища закреплялись быстро, особенно если внешний признак был заметным и постоянным. Суффикса -ов или -ин здесь нет, потому что фамилия застыла в виде краткого причастия или прилагательного женского рода — так называемые «застывшие формы» (как, например, фамилии Бараба, Непейвода, Забейворота). Это указывает на южнорусские или украинские корни, где подобные конструкции особенно распространены.

Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного слова «запухлый» в значении «запущенный, небрежный, обрюзгший». В некоторых говорах так говорили о человеке, который обленился, перестал следить за собой, «запух» от безделья. В этом случае прозвище носило скорее укоризненный, чем чисто внешний характер.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В дореволюционных переписях и метрических книгах фамилия Запухла встречается в Воронежской, Курской, Харьковской губерниях. Носители её — почти всегда крестьяне или однодворцы, то есть потомки служилых людей, осевших на южных рубежах. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии возможны варианты: Запухлый (с переходом в прилагательное мужского рода) или реже Запухлов (с добавлением типичного суффикса). Но форма Запухла сохранилась именно в том виде, в каком прозвище дали — как будто его только что произнесли в разговоре, и оно застыло на бумаге. Это делает фамилию не только редкой, но и выразительной с точки зрения языка: она звучит как прямая речь из прошлого.