Фамилия Запухлый — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений, минуя типичные фамильные суффиксы -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме прилагательного, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции (сравните: Весёлый, Хмурый, Гнилой). В официальных документах такие фамилии нередко русифицировали, добавляя окончание -ов, но вариант Запухлый устоялся, что указывает на позднее оформление или устойчивую местную привычку.

Основа фамилии — «запухлый», то есть опухший, отёчный. В русских говорах слово имело два оттенка: прямой медицинский (человек с болезненной отёчностью) и переносный, ироничный (ленивый, неповоротливый, «разбухший» от безделья). Вероятнее всего, прозвище давали не по физическому недостатку (это было бы жестоко и редко закреплялось в фамилии), а по характеру — медлительному, вялому человеку, которого в шутку называли «запухлым».

Фамилия бытует в основном на западе России и в восточной Беларуси, что подтверждается данными переписей XIX века. В Смоленской, Витебской и Могилёвской губерниях фиксировались крестьяне и мещане с этой фамилией. Встречается и вариант Запухлов — результат канцелярской унификации, но исходная форма Запухлый сохранилась лучше, чем у многих однокоренных фамилий.

Редкость фамилии объясняется неблагозвучностью основы для официального закрепления: дворянские и купеческие роды избегали таких прозвищ. Запухлые почти всегда были крестьянами или однодворцами, жившими замкнутыми общинами, где прозвище не казалось обидным, а воспринималось как бытовая характеристика. Со временем негативный оттенок стёрся, и фамилия стала просто родовым именем.

Словообразовательный разбор прост: корень «-пух-» (от «пухнуть», «опухать»), приставка «за-» (указывает на состояние, доведённое до предела), суффикс «-л-» (со значением признака по действию). Аналогично построены фамилии Заплесневелый, Заскорузлый, Завалящий — все они описывают не столько внешность, сколько состояние или качество, закрепившееся за человеком.