Фамилия Зарафутдинов ведет происхождение от мусульманского имени Зарафутдин, варианта имени Заррафетдин. В основе лежат два арабских корня: «зарраф», означающий «красноречивый», и «дин» — «религия, вера». Соединяясь, они дают значение «красноречивый проповедник» или «религиозный оратор». Имя это было популярно в среде духовенства и образованных людей, чья речь убеждала и вела за собой.

Суффикс «-ов» в фамилии — классический русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Зарафутдина». Такая модель образования фамилий закрепилась у татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Урала в конце XIX — начале XX века, когда шла массовая русификация документов. Поэтому носители фамилии Зарафутдинов — это потомки человека, которого в окружении знали как красноречивого наставника или проповедника.

Интересно, что имя Заррафетдин встречается реже, чем его более краткая форма Зарафутдин. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в устной, бытовой традиции, где имена нередко укорачивали для удобства произношения. Встречаются и однокоренные фамилии — Зарафутдиновы, Заррафетдиновы, а также Зарафутдинов с ударением на второй слог, что отражает местные диалектные особенности.

Географически фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарской диаспоры в Средней Азии. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Зарафутдиновы чаще всего числились среди крестьян и мещан, но основа имени намекает, что в роду могли быть муллы, учителя медресе или чтецы Корана — люди, чья профессия требовала дара убедительной речи.