Фамилия Зарубкина — женская форма фамилии Зарубкин, которая образована от прозвища или мирского имени Зарубка. Основа здесь прозрачна: глагол «зарубить». Но за этим стоит не одно значение, и разбираться нужно аккуратно, чтобы не свести всё к примитивной «криминальной» версии.

Самое вероятное объяснение лежит в ремесленной среде. Зарубкой на Руси называли зарубку, засечку на дереве — метку, которой пользовались лесорубы, плотники или землемеры. Прозвище Зарубка мог получить человек, делавший такие метки (например, лесной объездчик), либо тот, кто был «зарублен» — то есть имел приметный шрам, рубец от удара топором или саблей. В этом случае фамилия — чисто прозвищная, от физического признака.

Менее очевидная, но исторически интересная версия связана с древним значением слова «зарубити» — «оградить, защитить». В некоторых говорах «зарубить» означало поставить частокол, укрепить поселение. Зарубкой могли называть и само укреплённое место, и человека, жившего у такой зарубки. Тогда фамилия оказывается топонимической: предок был выходцем из селения с названием Зарубкино или Зарубка. Такие названия встречаются в Вологодской, Кировской, Пермской областях — на северо-востоке Руси, где лесные засеки и укреплённые рубежи были реальностью.

Суффикс -ин в фамилии Зарубкин указывает на принадлежность: «чей?» — Зарубкин, то есть сын или потомок Зарубки. Модель типична для северных и центральных русских земель. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, -ин присоединялся к основам на -а/-я. То есть прозвище Зарубка было в обиходе именно в такой форме.

Сословного барьера у фамилии не было. Зарубкины встречались и среди крестьян, и среди посадских людей, и в среде однодворцев. В документах XVIII века по Тамбовской губернии упоминаются Зарубкины — государственные крестьяне, что подтверждает «рабочий» бытовой корень прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Зарубин, Заруба, Зарубцов) показывает, что Зарубкина — более редкая и локальная форма. Если Зарубин мог возникнуть от имени Заруба (усечённая форма от Зарубимир или просто «задира»), то Зарубкин жёстче привязан к конкретному предметному прозвищу — зарубке, метке. Это делает фамилию ценной для историка быта: она прямо указывает на занятие или примету предка, без абстрактных наслоений.