Фамилия Зайналханова образована от мужского имени Зайналхан, которое состоит из двух частей. Первая — Зайнал — это арабское имя, означающее «украшение», «краса» (от корня «зайн»). Вторая — хан — тюркский титул, равнозначный князю или правителю. Вместе имя Зайналхан можно перевести как «украшение ханов» или «краса правителей». Такая модель сложения из арабского и тюркского компонентов была распространена среди народов, исповедовавших ислам, особенно в Поволжье и на Кавказе.

Фамилия заканчивается на -ова, что указывает на женскую форму. Мужской вариант — Зайналханов. Суффикс -ов/-ев в русском языке — стандартный способ образования фамилий от тюркских и арабских основ. Он показывает принадлежность: «сын Зайналхана». В отличие от исконно русских фамилий, где суффикс прибавляется к прозвищу или профессии, здесь основой выступает полное мусульманское имя, которое уже само по себе несло статусный смысл.

Географически фамилия Зайналханова характерна для татарской, башкирской, а также кумыкской и чеченской среды. Встречается она реже, чем, скажем, Зайнуллин или Зайнутдинов, что говорит о меньшей распространённости исходного имени. Вероятно, предок носителя фамилии был человеком заметным — либо духовным лицом, либо представителем местной знати, раз его имя включало титул «хан». Впрочем, со временем имя Зайналхан давали и детям незнатного происхождения, просто как благозвучное и благочестивое.

С точки зрения словообразования, фамилия Зайналханова стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Абдулханов, Султанханов, Алиханов. Все они построены по одной схеме: арабское или персидское имя + хан + русский патронимический суффикс. Разница лишь в том, что в фамилии Зайналханова первая часть не содержит религиозного оттенка, а подчёркивает эстетическое качество — красоту. Это делает её скорее поэтичной, чем сакральной.