Фамилия Зайсанова — одна из тех, где ключ к происхождению лежит не в русском, а в тюркском слове. Основа здесь — «зайсан» (или «дзайсан»), что в переводе с монгольского и калмыцкого означает «князь», «начальник», «знатный человек». В Российской империи так называли родовых старшин у алтайцев, калмыков и бурят — то есть представителей местной племенной аристократии, которые управляли улусами и ведали сбором податей. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, потомком или прямым родственником такого зайсана.

Модель образования фамилии — классическая русская патронимическая форма: к основе «Зайсан» добавили суффикс -ов (в женском варианте -ова). Это типичный способ русификации нерусских имен и прозвищ, особенно среди народов Сибири и Поволжья после вхождения их территорий в состав государства. Фамилия могла закрепиться за переселенцами, казаками или крестьянами, которые служили или торговали в районах расселения калмыков и алтайцев, либо за самими зайсанами, принявшими православие и получившими русскую фамилию по своему социальному статусу.

Интересно, что фамилия Зайсанов (Зайсанова) не встречается в центральных губерниях России — её ареал исторически привязан к югу Сибири, Алтаю и Калмыкии. Это редкий случай, когда фамилия прямо, без искажений, сохранила тюрко-монгольский титул. Сравните с однокоренными «Князев» или «Бояринов» — там основа славянская, а здесь мы имеем дело с заимствованным социальным термином, что делает фамилию ярким маркером региональной истории. Встречается и вариант Зайсанов (мужская форма), но женская — Зайсанова — не менее показательна, так как указывает на ту же родовую линию.