Фамилия Зайсунова — редкая и с неочевидной этимологией. Её основа — не русское слово, а тюркское или арабское имя, что сразу указывает на вероятное происхождение носителей из регионов, где русские фамилии формировались под влиянием восточных языков: Поволжья, Приуралья, Кавказа или Средней Азии.

Ключ к разгадке — мужская форма Зайсунов. Суффикс -ов/-ев типичен для русской фамильной модели, но корень «Зайсун» — не славянский. Скорее всего, он восходит к тюркскому имени Зайсун или Зайсан. В тюркских языках «зайсан» (или «зайсанг») — это титул, означающий «князь», «правитель» или «военачальник» (например, у казахов, киргизов, монголов). Такое прозвище или имя могли дать человеку знатного происхождения или с властным характером. Альтернативная версия — арабское имя Зайнун (уменьшительная форма от Зайн, «краса», «украшение») с последующей тюркской адаптацией в «Зайсун». В этом случае фамилия означала бы «красивый» или «отмеченный красотой».

Таким образом, фамилия Зайсунова образована по стандартной русской модели «имя предка + суффикс принадлежности»: Зайсун → сын Зайсуна → Зайсуновы. Женская форма Зайсунова — это жена или дочь Зайсунова.

География фамилии сегодня разбросана, но чаще всего Зайсуновы встречаются в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области. Это совпадает с зоной, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами, и фамилии такого типа не редкость. Социальный статус предков мог быть разным: от крестьян до служилых людей, принявших православие и получивших фамилию по имени отца. Чётких указаний на дворянство или купечество у фамилии нет.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов, у Зайсуновой есть особенность: её основа не адаптирована под славянскую фонетику (например, не превратилась в Зайцева или Соколова). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в русском языке довольно поздно, уже в XVIII–XIX веках, когда тюркские имена перестали переводить или заменять, а просто записывали как есть.