Фамилия Здойников образована от прозвища или нецерковного имени Здойник. В основе лежит слово «здой» — так в русских говорах называли снятое, обезжиренное молоко, обрат. Соответственно, здойником могли прозвать человека, который делал или продавал обрат, либо того, кто по каким-то причинам пил только такое молоко. В крестьянском быту, где молочные продукты были основой питания, прозвище, связанное с молоком, было естественным и понятным.

Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий или характерному признаку, а затем фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности — «сын Здойника». Это типичная русская патронимическая модель, самая распространённая в центральных и северных регионах России.

В некоторых говорах «здой» имело и переносное значение — так могли называть тощего, слабосильного человека, будто «выдоенного», лишённого сил. Поэтому не исключено, что прозвище Здойник дали не по роду занятий, а по внешности или характеру. Обе версии имеют право на существование, но первая — по профессии — выглядит более конкретной и вероятной для закрепления в качестве фамилии.

Фамилия редкая, её географическое ядро, судя по современным данным, находится в Поволжье, в частности в Кировской области и Удмуртии. Это согласуется с зоной бытования слова «здой» в севернорусских и среднерусских говорах. Встречаются также варианты написания Здойников и Здойников, но основной вариант закрепился через букву «и».

Среди однокоренных фамилий — Здойников, Здойнов, Здойко. Все они восходят к тому же корню, но образованы разными суффиксами. Фамилия Здойников не имеет отношения к слову «злой» или «злодей», это народная этимология, не подтверждённая лингвистически.