Фамилия Зефнер — это указание на род занятий предка, а не на имя или прозвище. Она происходит от немецкого слова Seifner, которое в горном деле обозначало «рабочий на промывке руды» или «драгер». Так называли человека, занятого на промывке золотоносного песка или руды — одного из самых трудоёмких и важных этапов добычи металла.

Сам корень связан с глаголом seifen («мыть, промывать»), а суффикс -ner указывает на принадлежность к профессии (как в Gärtner — садовник, Fischer — рыбак). Таким образом, фамилия Зефнер — типичная немецкая профессиональная фамилия, возникшая в землях, где были развиты горное дело и металлургия: Саксония, Гарц, Рудные горы, Тироль.

На русскую почву фамилия попала вместе с переселением немцев в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Встречается в документах Поволжья, Сибири и Причерноморья, где селились немецкие колонисты. В написании иногда встречается вариант «Зейфнер» — он ближе к немецкому произношению, но в русском языке закрепилась более простая форма «Зефнер».

Фамилия не имеет отношения к славянским корням и не связана с еврейской традицией — это чисто немецкая профессиональная фамилия, которая буквально переводится как «промывальщик» или «драгер». По сути, она хранит память о предке, который вручную, лотком или на специальном станке, отделял крупицы золота от пустой породы.