Фамилия Зельнер восходит к немецкому слову Zollner – «сборщик податей; мытарь», «таможенный досмотрщик, таможенник». Таким образом, она относится к числу так называемых «профессиональных» именований, содержащих указание на ремесло, род занятий предка.