Фамилия Зельнев — редкий случай, где суффикс не даёт однозначной подсказки. Формально это отчество второго порядка: Зельнев — сын Зельня, внук Зеля. Но что такое «Зель» или «Зеля»? В русской ономастике за этим обычно видят краткую форму от имени Зелик — народного варианта библейского Азалия (в переводе «Бог сохранил»). Однако есть и другая, более прозаичная версия, которую мы разберём ниже.

Куда интереснее, что фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища, связанного с диалектным словом «зель» или «зелье». В северных и центральных говорах «зельем» называли не только ядовитое снадобье, но и порох, а в переносном смысле — едкого, язвительного человека. Прозвище Зель или Зеля мог получить либо тот, кто варил зелья (знахарь, травник), либо кто имел острый язык. Фамилии от слова «зелье» встречаются: Зельев, Зельин, Зельский. Зельнев — вариант с суффиксом -н-, который в прозвищах часто указывает на признак: «зельный» — то есть относящийся к зелью или обладающий его свойствами.

География фамилии подсказывает, что корни стоит искать на Псковщине и в Тверской области. В псковских говорах «зель» — это ещё и «сорная трава», а «зелье» — «всходы, зелень». Там же встречается и слово «зельник» — огород, грядка с зеленью. Так что Зельневы могли быть огородниками или людьми, жившими у «зельника». В переписных книгах XVII века по Пскову и Новгороду встречаются крестьяне с прозвищем Зель, но фамилия Зельнев фиксируется в метрических книгах лишь с середины XIX века, преимущественно в Тверской губернии.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Зельнев — более архаичная форма, чем Зельев. Суффикс -нев (от основы на -нь) характерен для северо-западных говоров: ср. Рыжнев, Сизнев, Чернев. Это указывает на то, что фамилия сложилась в среде, где прозвища на -ня были естественной формой: Зельня — тот, кто работает с зельем или похож на зелье. Со временем отчество «Зельнев сын» закрепилось как родовая фамилия.

Версия с еврейским именем Зелик (Зельман) тоже имеет право на существование, но она менее вероятна для русской фамилии с суффиксом -ев. В еврейской традиции отчества обычно образовывались с помощью суффикса -ович/-евич, а не -ев. К тому же фамилия Зельнев не фиксируется в списках еврейских фамилий Российской империи, где преобладали Зельманович, Зельдин или Зельцер. Так что основная версия — славянская, от прозвища, связанного с ремеслом или характером.