Фамилия Зельина — женская форма, а её носительницы, скорее всего, потомки мужчины по фамилии Зельин. Сама же основа фамилии, скорее всего, связана не с растением зелень, а с личным именем или прозвищем.

Самый прямой и распространённый путь образования — от имени Зелья, уменьшительной формы одного из крестильных имён. В русской традиции так могли называть Азарию (Божья помощь), Елисея (Бог спасение) или даже Захария (Бог вспомнил). В быту длинные имена сокращали до коротких и ласковых форм: Зелья, Зеля. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зельин, то есть сын или потомок Зельи.

Менее вероятная, но не исключённая версия — прозвище Зеля. В некоторых говорах «зеля» или «зелье» означало не только траву, но и ядовитое снадобье, а также бойкого, едкого человека. Прозвище могли дать знахарю, травнику или человеку с острым языком. Однако для фамилии, образованной от прозвища, чаще встречается суффикс -ов (Зелев), так что версия с именем выглядит убедительнее.

Фамилия Зельин встречается в основном в центральной России и Поволжье, но не относится к числу массовых. Её редкий, почти «зелёный» звуковой облик часто вводит в заблуждение, заставляя искать связь с цветом или природой. На деле же за ней стоит обычная история: человека в быту звали уменьшительным именем, и это имя закрепилось за его родом.