Фамилия Зелько чаще всего ведет начало от имени Зелька — уменьшительной формы еврейского женского имени Зельде. В переводе с идиша оно означает «благословенная». Такое имя давали девочке с пожеланием счастливой судьбы, и со временем от него закрепилась фамилия. Суффикс -ко в этой модели типичен для восточнославянского именования: он встречается у украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ.

Существует и славянская версия происхождения. Она связывает фамилию с прозвищем Зелько, которое восходит к прилагательному «зельный» — «сильный, великий». В древнерусском языке это слово имело значение «обильный, крепкий», поэтому прозвище могли дать здоровому, рослому человеку. Эта версия менее распространена, но не лишена оснований: в говорах слово «зельный» сохранялось долго, особенно в северных и центральных областях.

Сравнение с однокоренными фамилиями тоже подсказывает направление поиска. В украинской и белорусской среде встречаются Зелько, Зелькевич, Зельковский — все они могли возникнуть независимо от еврейской традиции, на базе местных прозвищ. В то же время в записях XIX века фамилия Зелько фиксируется в черте оседлости, что подтверждает её связь с еврейским именем Зельде. Обе гипотезы имеют право на существование, и точное происхождение зависит от конкретной семейной истории.

Географически фамилия встречается на западе Украины, в Беларуси, а также в Польше. В России она редка и сосредоточена в регионах, куда переселялись выходцы из западных губерний. Сословной привязки нет: Зелько могли быть крестьянами, мещанами или ремесленниками — фамилия не указывает на принадлежность к дворянству или духовенству.