Фамилия Зегильман — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий, образованных от канонических имён или ремёсел с помощью суффиксов -ов, -ин, -ский. Её основа и суффикс указывают на немецкое или ашкеназское происхождение.

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от немецкого прозвища или профессионального имени. Первая часть — «Зегель» (нем. Segel — «парус»), вторая — «-ман» (Mann — «человек»). В буквальном смысле Зегильман — «парусный человек» или «человек, связанный с парусами». Это могло быть прозвище матроса, корабельного мастера, парусного мастера или владельца парусного судна. В немецких землях, особенно в прибрежных регионах, такие фамилии встречаются.

Вторая, менее вероятная, версия связывает фамилию с еврейским ашкеназским миром. В этом случае Зегильман может быть вариантом фамилии Зигельман (от идиш «зигель» — «победа» или от названия города Зигель). Однако написание через «е» (Зегильман) реже встречается в еврейских записях и чаще фиксируется в немецких документах.

В Российской империи фамилия Зегильман могла появиться вместе с немецкими колонистами, которых приглашала Екатерина II. Немцы-ремесленники, мастера парусного дела, оседали в Поволжье, Причерноморье, а также в Петербурге. Позже фамилия могла русифицироваться, сохранив исходное написание.

Словообразовательная модель проста: корень «Зегель» + суффикс «-ман». В русском языке такая конструкция нехарактерна, что и выдает в фамилии заимствование. Носители фамилии Зегильман в современной России крайне немногочисленны, встретить её можно в основном в центральных регионах и в городах с историческим немецким присутствием.