Фамилия Зекержаев — редкая, и её происхождение уходит в тюркские языки, скорее всего, в карачаево-балкарскую или кумыкскую среду. Основа здесь — мужское имя Зекержа, которое представляет собой местную форму библейско-коранического имени Захария (Зекерия). В исламской традиции пророк Закария (Зекерия) почитается как праведник, и его имя широко распространено у народов Кавказа и Поволжья. Суффикс -ев — типичный русский патронимический формант, который присоединяли к фамилиям горцев при документальном оформлении в XIX — начале XX века. Таким образом, Зекержаев буквально означает «потомок Зекержи».

Географически фамилия привязана к Северному Кавказу, в первую очередь к Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Встречается она и у чеченцев, и у ингушей, но исходная форма имени (Зекержа, а не, скажем, Закари) указывает на тюркскую огласовку. Если смотреть на словообразовательную модель, то это не отчество на -ович/-евич, а «русифицированная» фамилия, где русский суффикс наложился на национальное имя. Подобные случаи — Алиев, Умаров, Ибрагимов — массово возникали в регионе после вхождения в состав Российской империи.

Любопытная деталь: двойное «ж» (Зекержаев, а не Зекерзаев) говорит о твёрдом произношении корня. В некоторых диалектах кумыкского и карачаевского языков звук «з» перед гласными переднего ряда переходит в «ж», поэтому имя Закария могло звучать как Жекерия или Зекержа. Первый слог «Зе» — это характерное для тюркских языков упрощение: арабское «За» под влиянием местной фонетики сменилось на «Зе».

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к свободным общинникам (узденям) или крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных списках нет, как и массовых переселений в центральную Россию. Фамилия осталась локальной, и сегодня её носители живут преимущественно на исторической родине, хотя отдельные ветви встречаются в Ставропольском крае и в диаспорах за рубежом.