Фамилия Зелюшин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Зелюшин, то есть сын или потомок Зелюши) и разобраться, что стоит за словом «Зелюша».

Самая вероятная версия ведёт к диалектному слову «зелье» — не только в значении «ядовитый отвар», но и в более древнем, общеславянском смысле: «трава, зелень, лекарственное растение». В старых говорах «зелюша» могли назвать травника, знахаря, который собирал и сушил целебные травы, или же человека с прозвищем, данным по характеру — «зелёный», то есть неопытный, молодой (сравните: «зелёный юнец»). В рязанских и владимирских говорах фиксировалось слово «зелюха» — так называли зелёную лягушку или ящерицу; прозвище Зелюша могли дать человеку с зеленоватым оттенком кожи, глазами или просто за любовь к болотистой местности.

Менее правдоподобна, но возможна связь с личным именем Зеля — производной формой от крестильного имени Зиновий (греч. «живущий по-божески»). В таком случае Зелюша — это уменьшительно-ласкательный вариант, как Ванюша от Иван, а фамилия Зелюшин означает «потомок Зелюши (Зиновия)». Однако форма Зелюша для имени Зиновий встречается редко, чаще использовали Зиня или Зена.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным областям России. Встречается она нечасто, и это говорит о том, что прозвище было локальным — его давали в конкретной деревне или волости, а не по всей стране. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, что тоже указывает на бытовое, неофициальное происхождение: Зелюша — обращение в семье или среди соседей.

Таким образом, предок современных Зелюшиных с большой долей вероятности был либо травником-знахарем, либо получил прозвище за внешность или характер, связанные с зелёным цветом. Версия с именем Зиновий возможна, но слабее подтверждена диалектным материалом.