Фамилия Зененков — яркий пример того, как просторечная форма имени, почти забытая сегодня, закрепилась в официальном родовом прозвище. В её основе лежит имя Зеня — одна из многочисленных уменьшительных форм полного церковного имени Зиновий (от древнегреческого «Зенобиос» — «живущий по воле Зевса»). В народной речи имя Зиновий сокращалось до Зени, Зеня, а затем, по аналогии с другими именами, приобрело суффикс -енк-, характерный для украинской и южнорусской антропонимии.

Модель образования здесь двойная. Сначала от имени Зеня через патронимический суффикс -енко возникло прозвище Зененко («сын Зени»). Затем, при переносе фамилии в великорусскую среду, к ней добавили типичный русский суффикс -ов, что дало форму Зененков. Это распространённый процесс «обрусения» малороссийских фамилий: человек по фамилии Зененко, переезжая в северные губернии, мог получить в документах окончание -ов, и его потомки уже писались как Зененковы.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались украинские и русские говоры: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также Ростовская и Краснодарский край. В этих местах форма Зененко встречается до сих пор, а Зененков — её производная, закрепившаяся в официальных списках.

Редкость фамилии объясняется тем, что имя Зиновий в XX веке почти вышло из употребления, и его производные перестали восприниматься как живые. Сегодня носитель фамилии Зененков может даже не догадываться, что его предок был просто «Зениным сыном» — то есть сыном человека, которого в быту звали ласково Зеня, а по паспорту — Зиновий.