Несмотря на латышское происхождение, фамилия Зепс образована от славянского слова «зеп» - «карман, мошна». Вероятно, прозвище Зеп получил зажиточный человек, богаты торговец. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе этой фамилии лежит немецкое слово Sepie – «каракатица».