Фамилия Зезеро — редкая и необычная по звучанию для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не связано со славянскими корнями, а указывает на иноязычную основу, которая была переосмыслена при записи в документах.

Наиболее вероятная версия — искусственное или семинарское происхождение. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам часто меняли «простонародные» фамилии на более благозвучные, книжные, часто латинского или греческого происхождения. Зезеро может быть русифицированной формой от латинского zephyrus (западный ветер, зефир). В церковной среде такие «ветреные» фамилии давали либо за лёгкий нрав, либо просто для красоты звучания. Превращение «зефира» в «Зезеро» — типичный пример народной этимологии: незнакомое слово подгоняли под привычный строй языка, меняя окончание на -о (как в украинских или белорусских фамилиях).

Альтернативная, но менее убедительная версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта, например, местечка Зезеры (гипотетически). Однако сколько-нибудь известных географических объектов с таким названием в исторических границах Российской империи не зафиксировано, поэтому эта гипотеза уступает семинарской.

Что касается суффикса, то окончание -о в фамилии Зезеро не является типичным русским патронимическим суффиксом (-ов, -ин). Оно характерно для украинских (Коваленко, Шевченко) или белорусских фамилий, а также для тех, что были записаны в «окающих» говорах. В случае с Зезеро это, скорее всего, просто застывшая форма именительного падежа, которую зафиксировал писарь, услышав прозвище или прозвание «Зезеро» (тот, кто подобен зефиру).

Таким образом, носитель фамилии Зезеро, вероятнее всего, ведёт род от выходца из духовного сословия — семинариста или священника, которому дали «цветистую» фамилию, связанную с античным божеством ветра. Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её искусственное, а не массовое крестьянское происхождение.