Фамилия Жаекнова — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ов- (указывающий на принадлежность) и окончание -а, характерное для женского варианта. В основе лежит мужская форма Жаекнов, а в ней — прозвище или имя Жаек.

Вероятнее всего, Жаек — это фонетическая или диалектная вариация канонического имени Евсевий (в просторечии — Евсей). В русских говорах, особенно в северных и сибирских, начальное «Е» нередко переходило в «Я»: Евсей превращался в Явсей, а затем, с утратой согласного «в», — в Ясей или Жаей. Форма Жаек могла возникнуть из уменьшительного Ясейка через замену «с» на «ж» (явление цоканья или простонародного произношения) и сжатия. Подобные переходы встречаются у фамилий Ясенев — Жасенев, где корень тот же — от Евсея.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «жайык» (плавный, спокойный) или названием реки Жайык (Урал). В таком случае фамилия могла бы указывать на переселенца с этих земель, но для русского суффикса -ов это нетипично: тюркские основы обычно дают фамилии без такого суффикса (например, Жайыков — редкость). Поэтому версия с Евсеем выглядит правдоподобнее.

Фамилия Жаекнов (и её женский вариант) почти не встречается в центральных областях России. Она локализована в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где смешивались русские и тюркские диалекты, а имена часто искажались до неузнаваемости. Предки носителя этой фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по домашнему имени. Социальный контекст здесь простой: никакого дворянства или знатного рода, а обычное именование по отцу или деду, которое закрепилось в документах при переписях XVIII–XIX веков.