Фамилия Жаксыгатова — редкий случай в русском ономастиконе, который почти наверняка имеет тюркское, скорее всего казахское, происхождение. Её основа восходит к имени или прозвищу, образованному от казахского слова «жақсы» (хороший, добрый, отличный). Второй компонент — «гат» — может быть искажённым вариантом корня, связанного с именем собственным или с тюркским словом со значением «судьба», «доля». Таким образом, исходное прозвище Жаксыгат можно перевести как «хорошая судьба» или «добрый удел».

С точки зрения словообразования, фамилия построена по русской модели с суффиксом -ов/-ев, адаптированным к звучанию основы. В мужском варианте она звучит как Жаксыгатов, а женский — Жаксыгатова — образован простой заменой окончания. Эта модель типична для фамилий, которые давали при крещении или при переходе в русское подданство: к тюркскому имени прибавляли русский патронимический суффикс, означающий «сын такого-то». В данном случае — «сын Жаксыгата».

Фамилия почти не встречается в центральных и западных регионах России. Её ареал — территории, где исторически жили казахи и другие тюркские народы: Оренбургская, Астраханская области, а также республики Поволжья и Урала, в частности Башкортостан. Носители фамилии могут быть потомками кочевников, которые в XVIII–XIX веках переходили к оседлости и получали фамилии по имени отца.

Обращает на себя внимание редкость фамилии. Она не входит в списки распространённых русских фамилий и не встречается в классических словарях (например, у Унбегауна). Это говорит о том, что родословная, скорее всего, локальная и не затронула массовую миграцию. Сравнение с более частыми однокоренными фамилиями, вроде Жаксылыков или Жаксыбаев, показывает, что основа «жақсы» в сочетании с разными суффиксами давала много вариантов, но именно форма с «гат» — одна из самых редких.