Фамилия Жаксинова звучит непривычно для русского уха, и это подсказка: её корни не в славянской, а в тюркской языковой среде. Основа фамилии — мужское имя Жаксын, которое восходит к казахскому или башкирскому слову «якшы» (жаксы) — «хороший», «добрый», «благой». Имя Жаксын в прошлом давали с пожеланием ребёнку счастливой и удачной жизни. В русскую традицию фамилия попала через суффикс -ов, адаптированный к женской форме как -ова, что типично для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, вошедших в состав Российской империи.

Формант -ин в окончании здесь не указательный (как в русских фамилиях типа «Петров»), а скорее результат русификации: исходная фамилия могла писаться как Жаксынов, а в документах закрепилась форма Жаксинова. Географически фамилия встречается в Оренбургской, Челябинской областях, в Башкортостане и Казахстане. Предки носителей фамилии — скорее всего, скотоводы или земледельцы из тюркских этносов, получившие фамилию при переписях или крещении.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ, Жаксинова — пример прямой «желательной» номинации: имя отца (или деда) означало «хороший», и это качество передалось потомкам. Встречаются варианты написания с одной «с» (Жаксинова) и с двумя (Жакссинова), но первый вариант — основной. Споров о происхождении почти нет: тюркская основа очевидна, а славянская версия (от слова «жак» в значении «пиджак») — искусственная и не выдерживает критики, так как такие профессиональные прозвища не образовывали бы суффикс -ин.