Фамилия Жалгубаева — яркий пример тюркского ономастического наследия, распространённого в Казахстане и среди народов Центральной Азии. Её основа — мужское личное имя Жалгубай, которое образовано слиянием двух тюркских корней: «жал» (грива, холка у коня) и «губай» (вариант слова «кубай» — божество, господин, либо тюркское «бай» — богатый, хозяин). Таким образом, имя-прозвище могло означать «богатый гривой» (метафора красивого, статного коня) или «божественный конь» — в кочевой культуре конь был мерилом достатка и статуса.

Суффикс -ев (фонетический вариант -ов) в фамилии указывает на принадлежность: Жалгубаев — «сын (или потомок) Жалгубая». Окончание -а в женской форме Жалгубаева — это грамматический показатель русского языка, закреплённый в документах при русификации фамилий в XIX–XX веках. В исконной казахской среде фамилия существовала бы как Жалгубайұлы (сын Жалгубая) или Жалгубайқызы (дочь Жалгубая).

Интересно, что корень «жал» встречается и в других казахских фамилиях (Жалгасбаев, Жалмухамедов), но сочетание с «губай» — редкое. Это позволяет предположить, что родоначальник получил имя не по случайной прихоти, а по устойчивой родовой традиции, возможно, связанной с коневодством или воинской доблестью. Встречаемость фамилии наиболее высока в южных и западных областях Казахстана, где сильны традиции скотоводства и сохранились архаичные пласты тюркской антропонимии.

Сословно предки Жалгубаевых, скорее всего, относились к «кара суйек» (чёрная кость) — свободным скотоводам, не принадлежавшим к знати, но и не бывшим рабами. Фамилия не указывает на принадлежность к конкретному жузу (племенному союзу), но её звучание типично для казахской среды, где личные имена с компонентом «бай» были распространены повсеместно.