Фамилия Жалжаксинова — редкий случай, когда основа фамилии прозрачна с точки зрения тюркской ономастики, но почти не встречается в русских документах. Судя по структуре, перед нами женская форма фамилии, образованной от мужского варианта Жалжаксинов. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель присвоения фамилий, но корень явно иноязычный.

Основа «Жалжаксин» восходит к казахскому или другому тюркскому языку. Наиболее вероятная версия — от личного имени или прозвища, связанного со словом «жалжак» (в казахском «жалжақ» — «болтливый», «пустослов»). В тюркской традиции прозвища, отражающие особенности характера, часто становились фамилиями. Если это так, то родоначальник фамилии мог получить прозвище за словоохотливость или, наоборот, за привычку говорить лишнее.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом или географическим названием. В Казахстане есть урочища и речки с корнем «жалжак» (например, Жалжакты), но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Жалжактин или Жалжактаев. Форма «Жалжаксинов» с суффиксом -син указывает на арабское или персидское влияние: «син» может быть вариантом окончания, означающего «принадлежащий» или «происходящий из».

Особенность фамилии — её практически полная нераспространённость в исторических документах. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она не фиксируется. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться поздно, уже в советское время, или бытовать в узком кругу одной семьи. Скорее всего, носители фамилии — потомки казахов или татар, перешедших на оседлый образ жизни и получивших фамилию по отцу (Жалжаксин — сын Жалжака).

Написание с буквой «Ж» в начале и окончание «-ова» — результат адаптации к русской грамматике. В оригинале фамилия могла звучать как Жалжаксинкызы (дочь Жалжаксина) или просто Жалжаксин. Сегодня фамилия Жалжаксинова встречается редко, в основном в Казахстане и прилегающих регионах России, что подтверждает её локальное происхождение.