Фамилия Жанбакиева — женская форма фамилии Жанбакиев, которая образована от восточного мужского имени Жанбаки. Это составное имя восходит к двум арабским словам. Первая часть — «джан» (в некоторых говорах начальная согласная «д» выпадает), что переводится на русский язык как «душа». Вторая часть — «баки», которое в мусульманской традиции употребляется как один из эпитетов Аллаха и означает «вечный», «живущий вечно». Таким образом, имя Жанбаки можно истолковать как «вечная душа» или «душа, живущая вечно».

Словообразовательная модель фамилии типична для тюркских и кавказских народов: к мужскому имени добавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих основ). Фамилии на -ев часто фиксировались у мусульманских народов Российской империи в XIX — начале XX века, когда начался массовый переход от отчеств и родовых прозвищ к закреплённым наследственным фамилиям. Окончание -а указывает на принадлежность женщине — носительнице фамилии.

Процесс формирования фамилий в разных регионах был длительным и неравномерным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Жанбакиевых можно лишь на основании углублённых генеалогических исследований. Однако распространение фамилии встречается в среде народов, исповедующих ислам и говорящих на тюркских языках — в частности, у казахов, киргизов, татар и башкир. В этих культурах имя Жанбаки (или Жанбақы) встречается и сегодня, что делает фамилию не случайной, а связанной с конкретным личным именем предка.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то можно заметить, что основа «жан» (душа) встречается во множестве составных имён: Жанболат, Жандарбек, Жангельды. Фамилия Жанбакиева выделяется тем, что вторая часть имени отсылает не к бытовому понятию, а к сакральному — одному из имён Бога, что придавало имени особый смысл и, вероятно, давалось с пожеланием духовной стойкости и долголетия.