Фамилия Жанбаева — женская форма от тюркской фамилии Жанбаев, которая образована по распространенной в казахской и других тюркских ономастиках модели: личное имя или прозвище + аффикс принадлежности -бай. Суффикс -ев в русской передаче указывает на патронимическое происхождение (буквально «сын такого-то»), а окончание -а — на принадлежность женщине.

Основа фамилии — составное имя Жанбай. Первая часть «жан» (иногда пишется «джан») в тюркских языках означает «душа», «любимый», «дорогой». Вторая часть «бай» — титул или социальная характеристика: богатый, уважаемый человек, хозяин. Таким образом, Жанбай можно перевести как «любимый бай» или «дорогой господин». Скорее всего, это имя давалось мальчику как пожелание, чтобы он вырос уважаемым и состоятельным человеком, любимым в семье.

Встречается и более прозаичное объяснение: «жан» может быть диалектным вариантом слова «жан» в значении «сторона», «бок», но для данной фамилии это менее вероятно, так как имя Жанбай устойчиво фиксируется в казахских родословных.

Фамилия Жанбаева типична для южных регионов Казахстана, особенно для Алматинской и Жамбылской областей, а также встречается среди башкир и татар. Предки носителей фамилии, вероятно, принадлежали к скотоводческим или земледельческим общинам, где имя-пожелание Жанбай давалось в надежде на благополучную жизнь. В русских документах фамилия появилась в XIX — начале XX века при фиксации кочевого населения в метрических книгах и переписях.