Фамилия Жанекенов — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -ов указывает на русскую патронимическую модель: «чей?» — «Жанекенов», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Жанекен. Но само имя Жанекен явно нерусское, и здесь кроется главная загадка.

Скорее всего, основа восходит к тюркскому или арабо-тюркскому имени Жан (Джан, Ян), что в переводе с персидского и тюркских языков означает «душа», «жизнь», а в составе сложных имён — «милый», «дорогой». Уменьшительно-ласкательный формант -ек-/-екен типичен для казахской, татарской или башкирской антропонимии: Жанекен — это «душенька», «милый человек», ласковое прозвище или производное от полного имени вроде Жанболат, Жангали. Прибавление русского суффикса -ов превратило это имя в фамилию, что характерно для народов Поволжья и Урала, где в XIX–XX веках шла активная русификация фамилий.

Версия о французском корне (от Jean — Иван, через форму Жанекен) маловероятна: во-первых, фамилии на -ов у французов не образуются, а во-вторых, такое заимствование не зафиксировано в массовом порядке в России. Поэтому тюркское происхождение выглядит надёжнее, тем более что носители фамилии Жанекенов встречаются преимущественно в регионах с тюркским населением — в Татарстане, Башкортостане, Оренбуржье, а также в Казахстане.

Фамилия не относится к древним дворянским или крестьянским родам, известным по переписям XVII века. Скорее всего, она оформилась относительно поздно, в период, когда мусульмане и тюркоязычные народы получали официальные русские фамилии — в конце XIX — начале XX века. Предки носителя Жанекенов могли быть скотоводами, ремесленниками или крестьянами, а само прозвище Жанекен, перешедшее в фамилию, говорило об их мягком, душевном нраве или о том, что так ласково называли ребёнка в семье.